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Mejores programas de facturación para autónomos en 2026: comparativa completa

Por Alberto Sanz Díaz · Actualizado el 14 de junio de 2026 · Lectura: ~12 min

Si eres autónomo, llevar la facturación a mano o con hojas de cálculo tiene fecha de caducidad. Entre las obligaciones de la Ley Antifraude, la llegada de Verifactu en 2027 y la normativa de factura electrónica B2B que se acerca, elegir bien tu software ahora puede ahorrarte una migración urgente (y una sanción) más adelante.

En esta guía hemos analizado los seis programas de facturación más usados por autónomos en España. No nos basamos en opiniones genéricas: revisamos precios reales, límites de facturas, compatibilidad con Verifactu y para qué perfil de autónomo encaja cada uno.

Autónomo usando software de facturación en portátil

¿Por qué necesitas un programa de facturación en 2026?

La gestión manual de facturas ya no es solo ineficiente: en algunos casos es directamente arriesgada. Aquí los tres motivos más relevantes este año:

1. Verifactu: llega en 2027, pero debes prepararte ahora

El sistema Verifactu (Verificación de Facturas) es el nuevo estándar técnico de la Agencia Tributaria que obliga a los programas de facturación a generar un registro de cada factura con firma digital y enviarlo en tiempo real a la AEAT. Para grandes empresas entrará en vigor en 2025; para el resto de contribuyentes (autónomos incluidos), el plazo está fijado para 2027. Pero los programas que ya soportan Verifactu te permiten empezar a adaptarte sin prisas.

2. Obligaciones contables reales

Como autónomo en estimación directa, debes llevar el libro registro de facturas emitidas y recibidas, el libro de bienes de inversión y el de provisiones. Un programa automático genera estos libros sin esfuerzo adicional y te evita errores en los modelos 303 y 130 trimestrales.

3. Tiempo y errores

Una factura bien generada tarda menos de 2 minutos con un buen programa. Gestionar el cobro, el vencimiento y la retención de IRPF automáticamente puede suponer un ahorro real de 3-5 horas al mes para un autónomo con 20-30 facturas.

Tabla comparativa: los 6 mejores programas de facturación para autónomos

Nota editorial: las valoraciones recogidas en esta tabla son estimaciones de uso y utilidad basadas en análisis propio de facturandozen.com. No corresponden a aggregateRating de plataformas de terceros.

Programa Precio/mes Facturas/mes Verifactu Valoración editorial
Holded Desde 29 € Ilimitadas 4,6 / 5
Quipu Desde 9 € Ilimitadas 4,4 / 5
Billin Gratis / 8 € 10 gratis, luego ilimitadas No 4,3 / 5
Factura Directa Desde 8 € Ilimitadas 4,2 / 5
ContaSimple Desde 7 € Ilimitadas No 4,1 / 5
FacturaciónInformática Gratis básico Limitadas en gratis No 3,8 / 5

1. Holded: el ERP completo para autónomos que escalan

Mejor para autónomos con equipo o clientes recurrentes

Holded

Desde 29 €/mes (plan Start) · Prueba gratuita 14 días

Holded es mucho más que un programa de facturas: es un ERP (Enterprise Resource Planning) en la nube que integra facturación, contabilidad, CRM, gestión de proyectos e inventario. Para un autónomo con varios clientes, empleados o que necesita controlar proyectos a la par que la tesorería, es difícil encontrar algo más completo en el mercado español.

Su compatibilidad con Verifactu ya está activa, lo que significa que no tendrás que cambiar de programa cuando llegue la obligatoriedad en 2027. Genera automáticamente los libros registro de IVA e IRPF y permite exportar datos para los modelos 303, 130 y 390.

La interfaz es moderna y visualmente clara, aunque la curva de aprendizaje inicial puede ser algo pronunciada para alguien que nunca ha usado un ERP. Una vez configurado, fluye muy bien.

Puntos fuertes
  • ERP completo: facturación + contabilidad + CRM + proyectos
  • Compatible con Verifactu
  • Integración con bancos (reconciliación automática)
  • App móvil funcional
  • Reportes financieros detallados
Puntos débiles
  • Precio elevado para autónomos con poco volumen
  • Curva de aprendizaje media-alta
  • Excesivo si solo necesitas emitir facturas

Para quién es ideal: autónomos con 5+ clientes activos, que gestionan proyectos, cobros recurrentes o que tienen un empleado. También para quien quiere prepararse ya para Verifactu sin cambiar de herramienta en 2027.

Precio detallado: plan Start (29 €/mes, facturación + contabilidad básica), plan Plus (49 €/mes, con CRM y proyectos), plan Premium (79 €/mes, con inventario avanzado). Todos con facturas ilimitadas.

2. Quipu: el favorito de las gestorías y autónomos sin complicaciones

Mejor relación calidad-precio para autónomos

Quipu

Desde 9 €/mes · Prueba gratuita 15 días

Quipu nació para hacer la vida más fácil a autónomos, pequeñas empresas y gestorías. Su propuesta es clara: un programa de facturación accesible, con buena integración gestoría y compatibilidad con los modelos fiscales más comunes. Si tu gestor usa Quipu, la sincronización de datos es prácticamente automática.

Desde 2025, Quipu incluye compatibilidad con Verifactu en sus planes de pago, lo que lo posiciona bien de cara a la obligatoriedad de 2027. También genera el desglose de IVA por trimestre listo para rellenar el modelo 303, y el cálculo del pago fraccionado para el 130.

Su interfaz es sencilla y directa. No tiene la profundidad de Holded, pero para el autónomo medio —que emite facturas, registra gastos y quiere cuadrar los trimestres sin dramas— es más que suficiente y a un precio que no duele.

Puntos fuertes
  • Precio muy competitivo (desde 9 €/mes)
  • Excelente integración con gestorías
  • Compatible con Verifactu
  • Gestión de gastos con foto de ticket
  • App móvil bien valorada
Puntos débiles
  • Sin CRM ni gestión de proyectos
  • Reportes financieros básicos
  • Soporte por chat (no teléfono en plan básico)

Para quién es ideal: autónomos que trabajan con gestoría, profesionales liberales (diseñadores, consultores, traductores), pequeños comercios. Es el punto dulce entre precio y funcionalidad.

Precio detallado: plan Autónomo (9 €/mes, facturas + gastos + IVA trimestral), plan Pymes (19 €/mes, con contabilidad completa), plan Gestorías (consultar). Todos con facturas ilimitadas.

Oficina de pequeña empresa con software de contabilidad

3. Billin: la opción gratuita para empezar sin riesgos

Mejor opción gratuita para volumen bajo

Billin

Gratis hasta 10 facturas/mes · Plan de pago desde 8 €/mes

Billin es la opción más accesible del mercado para un autónomo que empieza o que tiene muy poco volumen de facturación. Su plan gratuito permite emitir hasta 10 facturas al mes con todas las funciones básicas, sin límite de tiempo. Suficiente para un freelance que factura a 3-4 clientes.

La interfaz es especialmente limpia e intuitiva. Si nunca has usado un programa de facturación, Billin tiene una curva de aprendizaje casi nula: en menos de 10 minutos estás emitiendo tu primera factura. También permite crear presupuestos y convertirlos a factura con un clic.

El punto débil es que actualmente no es compatible con Verifactu. Si tu negocio crece o si necesitas cumplir con Verifactu en 2027, tendrás que migrar a otro programa. Para un autónomo con pocas facturas al mes y sin presión fiscal inmediata, sigue siendo una opción válida en 2026.

Puntos fuertes
  • Plan gratuito real (hasta 10 facturas/mes)
  • Interfaz muy intuitiva, curva mínima
  • Presupuestos y conversión a factura
  • Acceso desde cualquier dispositivo
Puntos débiles
  • Sin compatibilidad Verifactu
  • Funciones contables muy limitadas
  • Limite de 10 facturas/mes en gratuito
  • Sin integración gestoría nativa

Para quién es ideal: autónomos recién dados de alta, freelances con pocos clientes, profesionales que empiezan a probar si un programa les aporta valor antes de pagar.

Precio detallado: gratis (10 facturas/mes), plan Pro (8 €/mes, facturas ilimitadas + gastos + más funciones).

4. Factura Directa: sólido, completo y preparado para Verifactu

Buena opción para autónomos con gestoría externa

Factura Directa

Desde 8 €/mes · Prueba gratuita 30 días

Factura Directa lleva muchos años en el mercado español y ha sabido adaptarse a los cambios normativos. Destaca por su compatibilidad con Verifactu, su módulo de factura electrónica (FacturaE para Administración Pública) y una gestión de gastos bien integrada.

Tiene un equilibrio interesante: más funciones que Billin, precio competitivo similar a Quipu, y una interfaz que —aunque no es la más moderna— resulta eficiente para autónomos acostumbrados a trabajar con software de gestión.

El plan básico ya incluye facturas ilimitadas, clientes ilimitados y el módulo de gastos. El plan profesional añade contabilidad completa y conexión con la AEAT para el envío automatizado.

Puntos fuertes
  • Compatible con Verifactu
  • Módulo de factura electrónica FacturaE
  • 30 días de prueba gratuita
  • Precio competitivo (desde 8 €/mes)
  • Facturas e ilimitadas desde el plan básico
Puntos débiles
  • Interfaz algo anticuada visualmente
  • App móvil con funciones limitadas
  • Menos intuitivo para usuarios nuevos

Para quién es ideal: autónomos que ya usan software de gestión y quieren algo serio a precio ajustado. También para quien factura a Administraciones Públicas y necesita FacturaE.

Precio detallado: plan Básico (8 €/mes), plan Profesional (14 €/mes con contabilidad y AEAT), plan Empresa (22 €/mes).

5. ContaSimple: el más económico con contabilidad integrada

Mejor precio con contabilidad incluida

ContaSimple

Desde 7 €/mes · Versión gratuita limitada disponible

ContaSimple es uno de los programas más veteranos del mercado y sigue siendo una opción sólida para autónomos que buscan el precio más ajustado con funciones contables básicas incluidas. Su plan de entrada es el más barato de esta comparativa que incluye contabilidad real (no solo facturación).

Permite llevar el libro de IVA, el registro de ingresos y gastos, y generar los listados necesarios para presentar el modelo 303 y el 130. La interfaz no es la más moderna, pero es funcional y estable.

El punto negativo relevante es que no es compatible con Verifactu. Si el fabricante no actualiza el software antes de 2027, habrá que migrar. Es un riesgo a tener en cuenta.

Puntos fuertes
  • Precio más bajo de la comparativa (7 €/mes)
  • Contabilidad y libros registro incluidos
  • Versión gratuita disponible
  • Funciona bien para autónomos en módulos
Puntos débiles
  • Sin compatibilidad Verifactu (a junio 2026)
  • Interfaz visual desactualizada
  • Soporte lento en plan básico
  • Sin app móvil nativa potente

Para quién es ideal: autónomos con presupuesto ajustado, autónomos en módulos, profesionales que prefieren estabilidad y precio bajo sobre modernidad.

Precio detallado: plan Básico (7 €/mes), plan Profesional (13 €/mes), plan Empresa (21 €/mes). Todos con facturas ilimitadas.

6. FacturaciónInformática: la alternativa gratuita de escritorio

Para autónomos que prefieren software local

FacturaciónInformática

Versión básica gratuita · Versiones de pago disponibles

FacturaciónInformática es un programa de escritorio (Windows) con versión gratuita funcional para autónomos que no quieren depender de la nube ni pagar suscripciones. Su versión gratuita permite emitir facturas con un límite en la base de datos, suficiente para escenarios de muy bajo volumen.

El punto negativo más importante es que no tiene compatibilidad con Verifactu en su versión actual y su desarrollo es menos activo que los competidores cloud. Para un autónomo con poca facturación que prefiere tener los datos en local, puede ser válido a corto plazo.

Puntos fuertes
  • Versión básica gratuita sin límite de tiempo
  • Instalación local, sin dependencia de internet
  • Manejo tradicional para usuarios mayores
Puntos débiles
  • Sin Verifactu ni actualizaciones frecuentes
  • Solo Windows, sin app móvil
  • Sin integración bancaria ni gestoría
  • Interfaz anticuada

Para quién es ideal: autónomos mayores acostumbrados a software de escritorio, o situaciones donde no hay conexión estable a internet.

Precio detallado: gratuito básico (con limitaciones en número de registros), versión profesional de pago bajo demanda.

Cómo elegir el mejor programa de facturación para ti

No hay un programa universalmente mejor: depende de tu perfil, volumen y necesidades fiscales. Estos son los criterios clave:

1. Precio y presupuesto mensual

Si facturas menos de 10 veces al mes, el plan gratuito de Billin puede ser suficiente. Para volúmenes mayores, el rango de 7-9 €/mes (ContaSimple, Quipu) cubre la mayoría de necesidades de un autónomo estándar. Solo si necesitas ERP completo tiene sentido subir a los 29 €/mes de Holded.

2. Compatibilidad con Verifactu

Si piensas estar activo como autónomo en 2027 (y más allá), elige desde ya un programa compatible: Holded, Quipu y Factura Directa ya lo soportan. Migrar en el último momento suele implicar exportar datos, reconfigurar plantillas y riesgo de pérdida de histórico.

3. Límite de facturas al mes

Todos los programas de pago en esta comparativa ofrecen facturas ilimitadas. Solo Billin limita en su plan gratuito (10/mes). Si tu negocio crece rápido, asegúrate de no quedar bloqueado por este límite.

4. Integración con tu gestoría

Si tienes gestoría, pregunta qué programa usa. Quipu es especialmente popular entre gestorías, lo que facilita la sincronización automática de datos. Holded también tiene buenas integraciones. Esto puede ahorrarte horas de trabajo cada trimestre.

5. Modelos fiscales automáticos

Un buen programa debe calcular automáticamente el IVA devengado y deducible para el modelo 303, y el pago fraccionado para el 130. Holded, Quipu y Factura Directa hacen esto de forma nativa. Billin en su versión básica no.

¿Qué es Verifactu y por qué importa en 2026?

Verifactu es el sistema de verificación de facturas de la Agencia Tributaria (AEAT) que forma parte de la Ley 11/2021 de medidas de prevención y lucha contra el fraude fiscal. Obliga a los programas de facturación a:

Para grandes empresas, la obligatoriedad ya está en marcha. Para autónomos y pymes, el plazo está previsto para 2027. Sin embargo, dado que muchos programas están actualizando sus motores de facturación para cumplir esta norma, es probable que los que no adapten su software queden obsoletos antes de esa fecha.

Si quieres profundizar en este tema, te recomendamos nuestra guía sobre cuota de autónomo 2026 donde también abordamos las novedades normativas del año.

Autónomo freelance trabajando con portátil
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Libros recomendados: contabilidad y fiscalidad para autónomos

Si quieres ir más allá del programa y entender la fiscalidad de fondo, estos libros te dan la base para gestionar mejor tus obligaciones tributarias y tomar decisiones contables con criterio propio.

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Preguntas frecuentes sobre programas de facturación para autónomos

Conclusión: ¿cuál elegir?

Si tuviéramos que dar una recomendación por perfil:

Sea cual sea el que elijas, lo más importante es que registres todas tus facturas desde el primer día. Un software mal configurado pero usado con disciplina siempre es mejor que uno perfecto que no se usa.

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